Hình 3: Gen tương đồng và gen tương tự.Sơ đồ trên: Gen tổ tiên A (đen) - theo truyền gen hàng dọc- tạo ra hai bản tương đồng (parolog) là gen A (đỏ) và gen B (xanh). Trong quá trình phát sinh loài, đã tạo ra hai loài chị em (species1 và species2).Sơ đồ dưới: Gen C (đen) ở loài 3 có chức năng tương tự, nhưng lại có nguồn gốc tiến hóa tách biệt.
Cơ chế HGT rất phức tạp, diễn ra ở mỗi nhóm loài không như nhau. Sau đây là một số.[35][36]
Biến nạp (transformation) là sự thay đổi vật chất di truyền của tế bào do tế bào "hấp thu" vật chất di truyền ngoại lai. Qua cơ chế này, vật liệu di truyền (là ADN hoặc ARN) từ loài này "xâm nhập" rồi "định cư" tại vật chủ nhận gen.[2][37][38] Xem chi tiết hơn ở trang "Biến nạp" và "Kỹ thuật di truyền".
Tải nạp (transduction) là quá trình ADN của virut được chuyển vào vi khuẩn, hoặc từ vi khuẩn này sang vi khuẩn khác nhờ virut (gồm cả thể thực khuẩn).[2][37] Xem chi tiết hơn ở trang "Tải nạp" và "Kỹ thuật di truyền".
Tiếp hợp vi khuẩn (bacterial conjugation) hoặc còn gọi là giao nạp (conjugation).[9][10][39] Đây là quá trình chuyển ADN-plasmit từ tế bào vi khuẩn này (tế bào cho) sang tê bào vi khuẩn khác (tế bào nhận) qua quá trình gọi là tiếp hợp ở vi khuẩn (hình 2) được coi như là một kiểu sinh sản "hữu tính" nhờ lông tiếp hợp.[37]
.svg){kind=link}
